海军卿之职，统率属官以理海军事，凡部下官员，奏任以上官进退黜陟皆具状上申，判任以下得专行之。省中事务，凡设定制度，卿以其意见奏请，报可而后行。一曰定海军编制之法；二曰定诸徽章；三曰撰定营兵之地；四曰布达诸军士号令；五曰诸局、诸官廨，或设立、或废、或合并；六曰制定诸局、诸官廨之条例规制；七曰命将官司某职课，及除局长与廨长；八曰军人、军属有赏典及特赦、恩减之事；九曰判决士官闭门以上之罪；十曰处决下士犯军律死罪者；十一曰凡关涉外国人、军属犯罪处分之事；十二曰派遣部下官员、生徒前往外国；十三曰凡制造船舰、购买军器与外国人结约之事；十四曰派船往外国；十五曰佣外国人；十六曰创设新制，变更旧规。此皆奏请然后施行，其他则专行。小事则径决。

大辅，辅卿之职掌，卿有事，得代理。少辅又亚于大辅，书记官各受卿之命，分营庶务，率属官而从事焉。本省所属有裁判所等官，以整军律。而兵学寮、造船局、水路局皆附属之。

环海分为东、西二部，各设镇守府以守护，南海自纪伊国潮岬以西为西部，北海自能登岬以东为东部。现东海镇守府既设于横滨，其西海镇守府尚未设立，故海军船舰皆归东海镇守府管辖焉。