后醍醐天皇立。讳尊治，后宇多子。母，谈天门院藤原氏。尊花园为上皇，称新院；后宇多称法皇。帝亲政，复置记录所，亲听讼狱，视北条氏失人心，谋诛灭之。帝与藤原资朝、藤原俊基谋，阴援武人可用者，每会议，脱衣冠纵酒，结其欢心，名曰“无礼讲”，事觉，比衙镇将收资朝、俊基。高时遂举兵入京。帝避走于笠置，高时立光严帝。名量仁，即帝所立太子，后伏见子也。遣兵陷笠置，迫传神器，不许。帝曰：“神器非臣下所能与夺，且镜玺已失，独有剑。必欲相迫，朕将自裁！”贼欲迁之六波罗第，帝使备行幸仪而后往。帝复走隐岐，楠正成起兵勤王，皇子护良亲王起兵于吉野，新田义贞起兵于上野，争应帝。帝还伯耆，名和长年、儿岛高德复举兵从之。寻，高时将足利高氏归顺，诸军收复京师，迎帝还阙。镇将北条仲时奉新主及两上皇东奔，官军邀击之，新主、上皇还。论诸公卿受新主官爵之罪，贬削有差。新田义贞遂攻破镰仓，灭北条氏。论功行赏，赐高氏以御名尊字，遂为足利尊氏。护良亲王知尊氏恶，表请诛之，不许。帝置决断所，赏军功迁延不决，而帝左右僧尼伎乐，多以内敕得赏，又造楮币、事兴作，举国嚣然。复思武人之治，旋听尊氏谗杀护良亲王。初，拜护良为将军，后囚之廉，令足利直义监守，直义遂杀之。尊氏益凶行无忌，自移兵开府镰仓，诬奏新田义贞。义贞奏辨，且暴尊氏八大罪，有诏夺官爵，尊氏遂举兵反。北条高时子时行招余党攻镰仓，尊氏击时行，走之。诏促班师，不听，自称征夷大将军关东管领，移书西道诸国发兵，以讨新田氏为名。楠正成等战死，尊氏入京，帝逃睿山。

尊氏立丰仁亲王为帝，建号改元，是为北朝光明帝。足利氏拥立光明帝，初阳尊之，及南军屡败，大得其志，不复禀敬。肆割膏腴以赏功臣，或至夺公卿食邑，虽供御阙乏不问。有将吏途遇光严上皇，不下，前驱呵之曰：“院也！”曰：“院耶？犬耶？犬则我射之。”令环射乘舆，折轭截辐而去。足利氏论其罪，武人相谓曰：“院且下之，苟遇将军，不将膝行乎？”帝之立也，民间又相语曰：“王并无一战功，将军何赐之，天予也。”尊氏佯请降，诱还后醍醐帝，幽之。幽帝于花山院，尊氏迫请传器于新主，以伪器授之。寻，潜逃于吉野。诸军勤王者皆败，义贞战死，两皇子亦见弑，后醍醐仅保吉野，对北朝而称南朝。后人以神器在南，尊为正统。后醍醐在位二十一年。改元八：曰元应，曰元亨，曰正中，曰嘉历，曰元德，曰元宏，曰建武，曰延元。崩于吉野。

第八子义良立，是为后村上天皇。母，新待贤门院藤原氏。即位之兴国元年庚辰，北朝光明帝历应三年也。越九年，光明帝禅位于从子兴仁，为崇光帝。又三年，尊氏因内乱，令子义诠佯降于南朝，将纾南兵而专事东海。南朝许之，义诠遂废崇光帝，奉南朝年号。后村上帝密令诸路兵讨尊氏，收复京师，收废帝、废太子，及光严、光明二上皇，送吉野幽之。义诠复败南兵，取京师，立弥仁亲王，是为后光严帝。众议无神器不可践祚，关白藤原良基曰：“尊氏，剑也；良基，玺也。何不可！”遂立之。南朝还所幽诸帝。南北两军厥后互有胜败，所争皆在京师，臣子亦各叛服不常。尊氏死，义诠为将军，义诠死，子义满为将军。后村上帝迭与北军战，有宗良亲王、源亲房、楠正行、新田义兴等辅之，屡擐甲御马，控御劲敌。在位三十年。改元二：曰兴国，曰正平。崩，子宽成立。

是为长庆天皇。母氏不详。即位之年戊申，北朝后光严帝应安元年也。越四年，后光严禅位于太子绪仁，为后圆融帝。斯时北军益强。长庆在位五年。改元二：曰建德，曰文中。禅位于弟熙成。

是为后龟山天皇。母，嘉吉门院某氏。越十年，北朝帝禅位于太子干仁，为后小松帝。于时南朝地尽失，独吉野属行宫，新田氏子孙先败灭，寻楠氏、菊池氏亦亡全族。遂议和，从义满请，授神器于后小松帝。义满来请和曰：“驾还、授器，则两统更立如故事。”许之。元中元年十月，车驾发行宫，群臣以戎服从，至京，义满欲用来降礼，帝曰：“朕欲用父子礼相授，否则以神器毙，安肯屈臣下以辱祖宗乎？”或谓义满曰：“神器在彼，彼即真主，不可违也。”称后龟山为太上皇。后龟山在位二十年。改元三：曰天授、曰宏和、曰元中。南朝为龟山统，凡四世；北朝为后深草统，凡六世。至是成和。义满仍请两统更立。自后醍醐即位之元年至壬申一统，凡七十四年。自北朝光严帝即位之元年至壬申一统，凡六十一年。两统之议，定于北条贞时，遂授后世奸人取富贵之柄。然南朝土地甲兵，不及北朝什之一，卒能相持数十年者，赖楠氏、新田氏数家孙子相继以忠义号召人心，故能屡扑屡起，定于一尊，非独神器有在为然也。